Objawy zależą od rodzaju dystrofii oraz stadium zaawansowania i mogą pojawiać się w różnym wieku. Najczęściej jest to pogorszenie widzenia niemożliwe do skorygowania okularami czy soczewkami kontaktowymi, światłowstręt, uczucie ciała obcego.
Dystrofie rogówki, a więc objawy z nimi związane, z definicji dotyczy obojga oczu. Początek może jednak nie być jednoczasowy a stadium zaawansowania zmian może się różnić pomiędzy oczami.
U pacjentów z dystrofią Fuchsa, we wczesnych stadiach choroby, typowe jest pogorszenie widzenia rano i stopniowa jego poprawa. W przypadku dystrofii miąższu rogówki nie obserwuje się zmienności zamglenia widzenia w ciągu doby.
Dla dystrofii Cogana typowy jest samoistny ból oka nie związany z urazem często pojawiający się po przebudzeniu. Jego przyczyną są samoistnie powstające erozje nabłonka rogówki. Są one spowodowane nieprawidłową budową błony podstawnej nabłonka co jest istotą choroby.
Część dystrofii ma przebieg bezobjawowy i ich rozpoznanie stawiane jest ”przypadkowo” podczas przesiewowego badania okulistycznego.